「宝島を見つける！」とジャイアンたちに宣言したのび太は、ドラえもんのひみつ道具“宝探し地図”を使って宝島を探すことに。地図が指し示した場所は、なんと太平洋上に突然現れた新しい島だった…。
ノビタオーラ号と名付けられた船で宝島に向かったのび太たちは、あと少しで島に上陸というところで海賊たちから襲われる！　急にあらわれた敵に立ち向かうのび太たちだったが、戦いのドタバタの中でしずかが海賊船にさらわれてしまう！　海賊に逃げられた後、のび太たちは海に漂う一人の少年フロックとオウム型ロボットのクイズと出会う。フロックは海賊船から逃げ出したメカニックで宝島の重要な秘密を知っていた！
はたしてのび太たちは海賊からしずかを助けることができるのか!?　そして宝島に眠る財宝に隠された秘密とは一体!?